W 1069 roku przybył tu wezwany przez fundatora z opactwa w Ratyzbonie Wilhelm (nazwany później Wilhelmem z Hirsau), który został nowym opatem. Zadbał o zakończenie prac restauracyjnych w obiektach klasztornych, a także położył podwaliny pod wielki rozkwit konwentu – religijny, kulturalny i gospodarczy. Zwolennik reformy kluniackiej, zaprowadził w opactwie zasady panujące w Cluny, gdzie wysyłał kilkakrotnie swoich uczniów – Hirsau, gdzie wprowadzono zasady jeszcze ostrzejsze (spisane przez Wilhelma w Constitutiones Hirsaugienses), stało się głównym ośrodkiem tej reformy w Rzeszy, zwanej tutaj reformą hirsaugijską. Klasztor w Hirsau nie stał się jednak częścią kongregacji kluniackiej, a został bezpośrednio podporządkowany papiestwu. Sukces reformy (objęła ponad 100 klasztorów w Niemczech, Czechach i Polsce) doprowadził do założenia tzw. kongregacji hirsaugijskiej – szeregu klasztorów podporządkowanych opatowi Hirsau (choć nie był to tak scentralizowany związek jak w przypadku kongregacji kluniackiej). Opat Wilhelm był też ważnym stronnikiem papieża w sporze o inwestyturę – jego uczniowie obejmowali kierownictwo w wielu podporządkowanych klasztorach, niekiedy też działali jako agenci antycesarscy.