W roku 2002 nastąpiła kolejna zmiana, związana z rozszerzeniem obszaru prowadzonych badań naukowych oraz dydaktyki. Zostaje powołany do życia Instytut Mechatroniki i Systemów Informatycznych. Pierwszym dyrektorem Instytutu był prof. Kazimierz Zakrzewski, zaś od 2007 roku jego miejsce zajął prof. Sławomir Wiak. Do 2024 roku w historii Instytutu Mechatroniki i Systemów Informatycznych stopień naukowy doktora habilitowanego uzyskało 7 osób: Krzysztof Komęza (1995), Paweł Witczak (1995), Maria Dems (1996), Adam Pelikant (2002), Ryszard Szczerbanowski (2003), Zbigniew Gmyrek (2005), Paolo Di Barba (2013), Łukasz Szymański (2015), Grzegorz Raniszewski (2019). Ponadto tytuły profesora zwyczajnego otrzymali: Sławomir Wiak (2002), Jan Sykulski (2004), Maria Dems (2012), Paweł Witczak (2012), Krzysztof Komęza (2014), Adam Pelikant (2015), Michał Kaczmarek (2018).
W 2024 roku dyrektorem Instytutu zostaje dr hab. inż. Łukasz Szymański, prof. uczelni. Aktualnym Zastępcą Dyrektora ds. Rozwoju jest dr inż. Anna Firych-Nowacka, a Zastępcą ds. Kształcenia dr inż. Krzysztof Smółka.