337–338; Pastor, vol. XIII, s. 218..

W kwietniu 1555 kardynał inkwizytor Marcello Cervini został papieżem Marcelim II, ale jego pontyfikat trwał zaledwie kilka tygodniPastor, vol. XIV, s. 1–55..

W 1555 Gian Pietro Carafa sam objął tron papieski jako papież Paweł IV (1555–1559). Ranga Inkwizycji Rzymskiej w całym Kościele wówczas wzrosła, tym bardziej że Paweł IV nadal osobiście uczestniczył w posiedzeniach Kongregacji i kierował jej pracami. 14 grudnia 1558 kardynał Michele Ghislieri został mianowany przez Pawła IV „wielkim inkwizytorem całego chrześcijaństwa” i pierwszym formalnym zwierzchnikiem Kongregacji, co było kolejnym krokiem w kierunku nadania bardziej zorganizowanej formy tej instytucjiPomimo że sam Carafa jest często uważany za pierwszego przewodniczącego Inkwizycji Rzymskiej, w rzeczywistości jego status był równy pozostałym kardynałom inkwizytorom. Nie był on ich formalnym zwierzchnikiem, a jego faktyczna dominacja w Kongregacji nie była oparta na żadnej formalnej podstawie;