Gdy w 1961 kolejne wybory parlamentarne w Iranie zostały sfałszowane, opozycja zorganizowała w kraju serię demonstracji, w maju 1961 doszły do nich strajki nauczycieli i innych grup zawodowych. Protesty zostały rozpędzone; zginął jeden nauczyciel, było też kilku rannych. Premier utrzymywał następnie, że policja zastosowała brutalne środki bez jego wiedzy i zgody. Twierdził nawet, że zarówno protesty, jak i sposób ich rozpędzenia zostały zainspirowane przez amerykańską ambasadę w celu obalenia jego rządu, z którego niezadowoleni byli i Amerykanie, i szach. Kilka dni po strajku nauczycieli i po dziewięciu miesiącach od nominacji na premiera, 5 maja 1961, Dżafar Szarif-Emani złożył rezygnację. Kilka miesięcy później został przewodniczącym irańskiego Senatu. Mohammad Reza Pahlawi powierzył mu również kierowanie Fundacją Pahlawich, instytucją dobroczynną, której fundusze pochodziły z części majątku dynastii.
W 1968 otrzymał Order Odrodzenia Polski I klasy.