W 1633 w Rzymie doszło do skazania Galileusza na areszt domowy przez rzymskie Święte Oficjum. Areszt ten wykonywany był kolejno w kilku miejscach na terenie Toskanii. Zachowała się bogata korespondencja między inkwizytorem Florencji a Kongregacją w sprawie wykonania wyroku na Galileusza oraz cenzury literatury heliocentrycznej.
Jednym z najsłynniejszych procesów w historii florenckiej inkwizycji był proces toskańskiego poety i sekretarza loży masońskiej we Florencji Tommaso Crudeliego, który został aresztowany w 1739. Krótko przed jego aresztowaniem wygasła dynastia Medyceuszy i władzę w Toskanii przejęła dynastia habsbursko-lotaryńska. Nowe władze nieprzychylnym okiem patrzyły na ofensywę antymasońską i doprowadziły do odwołania z urzędu inkwizytora Florencji Paolo Antonio AmbrogiegoDel Col, s. 689-693..
W 1743 wielki książę Toskanii Franciszek I Lotaryński odebrał inkwizycji cenzurę publikacji. Jedenaście lat później doszło do podpisania konkordatu między księciem a Stolicą Apostolską, w wyniku którego ustalono, że w skład trybunału inkwizycyjnego wejdzie trzech świeckich urzędników. Następca Franciszka I, Piotr Leopold Habsburg, dekretem z 5 lipca 1782 ostatecznie rozwiązał toskańskie trybunały inkwizycji Del Col, s.