Po przesłuchaniu został wypuszczony, najprawdopodobniej na skutek interwencji uczestniczącej w przesłuchaniu polskiej tłumaczkiBrama, M., Zapis wywiadu z mjr Ludwikiem Misiekiem przeprowadzonej 18 maja 2007 roku na potrzeby Archiwum Historii Mówionej Muzeum Powstania Warszawskiego: http://www.1944.pl/archiwum-historii-mowionej/ludwik-misiek,1172.html..
28 maja 1940 r., po rejestracji w komisji ds. wymiany ludności cywilnej został wraz z rodziną przekazany stronie niemieckiej. Trafili kolejno do dwóch obozów przejściowych: w Żurawicy i w Pabianicach. Po powrocie do Wielkopolski osiedli w Topoli Małej, miejscu pobytu głowy rodziny, Ignacego Misieka. Ludwik zaangażował się w działalność konspiracyjną w placówce wywiadowczej „Aluminium” w gminie Przygodzice. Brał udział w organizowanych akcjach charytatywnych na rzecz rodzin aresztowanych konspiratorów. W placówce „Aluminium” był archiwistą, łącznikiem i kurierem dla wyższych szczebli komendy Armii Krajowej. 9 października 1942 r. został zaprzysiężony do Armii Krajowej otrzymując ps. „Robert”.