15 marca 1946 Rada Najwyższa ZSRR przyjęła Prawo o przekształceniu Rady Komisarzy Ludowych w Radę Ministrów ZSRR, a ludowych komisariatów - w ministerstwa. Zgodnie z nim Ludowy Komisariat Spraw Wewnętrznych został przekształcony w Ministerstwo Spraw Wewnętrznych ZSRR. Zgodnie z rozkazem MSW ZSRR z 15 stycznia 1947 Główny Zarząd Wojsk Pogranicznych został zreorganizowany, a w jego skład weszły zarządy: operacyjno-rozpoznawczy; organizacyjno-budowlany; polityczny; morski.
Zarząd operacyjno-rozpoznawczy składał się z wydziałów: zachodniego; bliskowschodniego; dalekowschodniego; punktów kontrolno-przepustkowych (). Każdy wydział posiadał dwa oddziały - służby i zwiadu.
Zarządy okręgów pogranicznych składały się ze sztabu, wydziału kadr, morskiego, zwiadowczego (rozpoznawczego), politycznego, medycznego i finansowego.
Do znaczących zmian organizacyjnych należy przeprowadzona w październiku 1949 zmiana podporządkowania wojsk pogranicznych spod MSW (minister S. Krugłow) pod Ministerstwo Bezpieczeństwa Państwowego (minister W. Abakumow).