Jednocześnie rozdzielono funkcje ochrony pogranicza i organów celnych.
Pod koniec czerwca 1918 ochrona pogranicza posiadała następującą strukturę organizacyjną: Ludowy Komisariat Handlu i Przemysłu Rada Ochrony Pogranicza GZOP 3 okręgi pograniczne (I - Piotrograd, II - Mińsk, III - Orzeł) rejony podrejony (subrejony) odcinki () strażnice () posterunki ().
Na terytoriach przyległych do granicy, utworzono specjalne jednostki operacyjne - okręgowe, rejonowe () i punktowe nadzwyczajne komisje pograniczne (), а przy Wszechrosyjskiej Komisji Nadzwyczajnej WCzK utworzono podwydział pograniczny.
1 lutego 1919 zgodnie z rozporządzeniem Rewolucyjnej Rady Wojskowej Republiki ochrona pogranicza została przekształcona w wojska pograniczne. Rada ochrony pogranicza nazwała się Wojskową Radą Wojsk Pogranicza, a GZOP – Głównym Zarządem Wojsk Pogranicznych, GZWP (). Okręgi pograniczne zostały dywizjami pogranicznym, rejony – pogranicznymi pułkami piechoty (strzeleckimi), subrejony - batalionami, dystancje - kompaniami (rotami). Ogólni na bazie ochrony pogranicza sformowano trzy dywizje, po pięć pułków i pięć kawaleryjskich dywizjonów (?) w każdej. W lipcu 1919 wojska pogranicza weszły w skład działających armii, we wrześniu rozwiązano Wojskową Radę Wojsk Pogranicza i GZWP.