Po wybuchu I wojny światowej we wrześniu 1914 stanął na czele komisariatu Naczelnego Komitetu Narodowego w Wiedniu (wskutek działalności tegoż pod koniec września wysłano na front pierwszą kompanię Legionów Polskich, a w listopadzie drugą). Działał także na rzecz pomocy inwalidom wojennym. Cierpiał na chorobę Basedowa. W 1915 przebywał w sanatorium w Semmering. Mimo wskazań lekarskich do przerwania pracy, powrócił do Wiednia obejmując w listopadzie 1915 stanowisko szefa biura prezydialnego NKN, poświęcając się sprawom Legionów. Na początku 1916 ponownie złożony chorobą trafił do sanatorium w Wiedniu.

Zmarł 13 marca 1916 w Wiedniu. Pierwotnie został pochowany tamże 16 marca 1916 po pogrzebie z polskiego kościoła przy Rennweg. 4 grudnia 1917 odbył się jego ponowny pogrzeb we Lwowie w tamtejszej kaplicy Boimów.

Ożenił się z Emilią z domu Szwedzicką, córką polityka staroruskiego Jakiwa Szwedyckiego. Mieli syna dr. Alfreda Zgórskiego, który był adwokatem i sędzią we Lwowie i córkę Gabrielę, zamężną z przedsiębiorcą dr.