Działania związku nasiliły się w okresie rządu Hanny Suchockiej. Od lipca 1992 ZZR „Samoobrona” rozpoczął organizowanie blokad dróg oraz demonstracji pod Sejmem i ministerstwami. Po 1993 protesty te były organizowane już na mniejszą skalę, głównie w mniejszych miejscowościach. Związek współpracował wówczas m.in. z Solidarnością 80 Mariana Jurczyka i Stronnictwem Narodowym „Szczerbiec”, a także licznymi związkami zawodowymi (m.in. górników i metalowców).
W 1993 z organizacji wykluczono m.in. Janusza Bryczkowskiego oraz Zbigniewa Majchrzaka, który wraz ze Stanisławem Muszyńskim powołał następnie Wolny Związek Zawodowy.
Od 1998 r. ZZR „Samoobrona” wznowił protesty przeciw polityce władz centralnych, kontestując działania rządu Jerzego Buzka. Związek domagał się podjęcia przez rząd interwencji na rynku rolnym w celu rozwiązania problemu tzw. „świńskiej górki”. W tym celu powołał wraz z Krajowym Związkiem Kółek i Organizacji Rolniczych i NSZZ „Solidarność” RI międzyzwiązkowy komitet protestacyjny, na którego czele stanął Andrzej Lepper. Po przyjęciu przez rolniczą „Solidarność” i Kółka Rolnicze porozumienia z rządem, „Samoobrona” zaangażowała się w walkę o podwyżki dla pracowników budżetówki (m.in. pielęgniarek, górników, nauczycieli), a także o zwiększenie nakładów na renty i emerytury. W okresie tym związek współdziałał m.in.