W 2006 i 2007 r., w wyniku kolejnych konfliktów w związku, część działaczy ZZR „Samoobrona” odeszła z organizacji, powołując nowe związki, m.in. Ogólnopolskie Porozumienie Związków Zawodowych Rolników i Organizacji Rolniczych (m.in. Sławomir Izdebski) oraz Związek Zawodowy Rolnictwa i Obszarów Wiejskich „Regiony” (m.in. Danuta Hojarska, Krzysztof Filipek).
W 2008 ZZR „Samoobrona” zorganizował serię niewielkich blokad dróg m.in. w Polichnie, Grudziądzu, Bartoszycach i Zambrowie, protestując przeciwko polityce rządu Donalda Tuska.
W październiku 2011 przewodniczącym ZZR „Samoobrona” w miejsce zmarłego Andrzeja Leppera został Lech Kuropatwiński.
Przed II turą wyborów prezydenckich w lipcu 2020 związek udzielił oficjalnego poparcia kandydaturze Andrzeja Dudy. Jesienią tego samego roku organizacja współorganizowała protesty przeciwko procedowaniu nowelizacji ustawy o ochronie zwierząt, która m.in. przewidywała likwidację hodowli zwierząt futerkowych.
We wrześniu 2021 w Jarosławcu odbyły się uroczystości 30-lecia powstania ZZR „Samoobrona”, których honorowym patronem był minister rolnictwa i rozwoju wsi Grzegorz Puda.