duchowny przyjął imię zakonne Flawian na cześć świętego patriarchy konstantynopolitańskiego Flawiana. W tym samym dniu został mianowany prorektorem szkoły duchownej w Wołogdzie oraz dziekanem dekanatu czerepowieckiego, jak również proboszczem parafii Narodzenia Pańskiego w Czerepowcu. 23 października tego samego roku otrzymał nominację na biskupa czerepowieckiego i biełozierskiego. W związku z tym dwa dni później został podniesiony do godności archimandryty. Jego chirotonia biskupia odbyła się 23 listopada 2014 w soborze Chrystusa Zbawiciela w Moskwie, pod przewodnictwem patriarchy moskiewskiego i całej Rusi CyrylaВ Неделю 24-ю по Пятидесятнице Предстоятель Русской Церкви совершил Литургию в Храме Христа Спасителя и возглавил хиротонию архимандрита Флавиана (Митрофанова) во епископа Череповецкого и Белозерского..
W marcu 2020 r. biskup Flawian zwrócił się do patriarchy z prośbą o zwolnienie z obowiązków z powodu złego stanu zdrowia;