Ciężki los dotknął również zakonnice: 400 sióstr zostało internowanych w bojanowskim obozie koncentracyjnym. Wielu seminarzystów i osób zakonnych zostało przymuszonych do katorżniczej pracy. W Poznaniu pozostawiono czynne tylko dwa kościoły, w Łodzi cztery.
Prześladowania dotknęły hierarchię kościelną. Niektórych biskupów przymuszono do ustąpienia, innych aresztowano lub nawet zamordowano. Do obozów koncentracyjnych trafili biskupi: Marian Leon Fulman, Władysław Goral, Michał Kozal, Antoni Julian Nowowiejski i Leon Wetmański. Duchownych wysyłano do obozów w: Sachsenhausen, Dachau, Soldau i Auschwitz-Birkenau.
W Katowicach Niemcy początkowo tolerowali bpa Stanisława Adamskiego. W 1941 deportowano go jednak do Generalnego Gubernatorstwa. W czasie powstania warszawskiego bp Adamski był jedynym biskupem, który pełnił posługę duszpasterską wśród powstańców.
Sprawozdanie kardynała Hlonda upright|thumb|Kard. August Hlond Zaraz po inwazji prymas kard. August Hlond przedstawił Stolicy Świętej sprawozdanie o sytuacji prześladowanego Kościoła w Polsce. Napisał o konfiskatach majątku i nadużyciach w stosunku do kleru i osób konsekrowanych na terenie archidiecezji gnieźnieńskiej: