Do ojczyzny powrócił ponownie w 1939 po agresji włoskiej na Albanię. Pracował w Banku Państwowym działającym pod kontrolą włoską, ale w 1943 opuścił Tiranę i związał się z Ruchem Narodowowyzwoleńczym. W grudniu 1945 objął stanowisko wiceprzewodniczącego Antyfaszystowskiej Rady Generalnej. Wkrótce potem Boshnjaku otrzymał posadę dyrektora Banku Państwa (Banka e Shtetit), którą pełnił do 1946. W tym czasie objął mandat deputowanego do parlamentu z okręgu Szkodry.
Był przeciwnikiem zależności ekonomicznej Albanii od Jugosławii i wprowadzenia w Albanii dinara, co planowano w 1947. Na forum parlamentu zaliczał się do przeciwników likwidacji prywatnych przedsiębiorstw. Krytyka nowych władz w parlamencie doprowadziła do aresztowania Boshnjaku przez funkcjonariuszy Sigurimi (15 maja 1947) i pozbawienia go mandatu deputowanego. W procesie tzw. grupy deputowanych Sąd wojskowy 31 grudnia 1947 skazał go na karę dożywotniego więzienia i konfiskatę majątku. Uwolniony z więzienia 27 kwietnia 1949, zmarł cztery lata później w szpitalu, z powodu zaburzeń krążenia.