Przyczynił się do powstania miasta Puebla w środkowym Meksyku. Był aktywny na polu misjonarskim, biorąc udział w wyprawach do Tehuantepec, Gwatemali i na Jukatan.
Chociaż Motolinia nie akceptował polityki gubernatora Guzmána, nie podzielał też jednak opinii dominikanina Bartolomé de Las Casas, który widział w konkwiście i poddawaniu Indian administracji królewskiej czyny przeciwne moralności chrześcijańskiej. Motolinia był przekonany, że Bóg obroni Indian, gdy przejdą na chrześcijaństwo. Dla Motolinia praca misyjna była więc ważniejsza niż walka z encomiendą. W liście do króla Karola V starał się zdyskredytować Bartolomé de Las Casasa. Nazwał go człowiekiem "ciężkim, niespokojnym, natrętnym, gwałtownym, obraźliwym i pełnym uprzedzeń", a nawet apostatą z powodu odmowy przyjęcia urzędu biskupa Chiapas.
Toribio Motolinia założył liczne wspólnoty i klasztory na terenie Meksyku, chrzcząc ponad 400 000 Indian. Przed śmiercią mieszkał w Klasztorze św. Franciszka w Meksyku, gdzie zmarł w 1568.