Chociaż w niewoli von Werra nie poszedł na współpracę z przeciwnikiem jego obsesją była obawa o zdradę któregoś z innych wysokich rangą pilotów, dlatego doprowadził do napisania na podstawie swoich doświadczeń podręcznika postępowania podczas przesłuchania w alianckiej niewoli.
Po powrocie do kraju ożenił się. Od Hitlera otrzymał ofertę otrzymania posiadłości w okupowanej Polsce, ale na ochotnika zgłosił się do walk na froncie wschodnim i 1 lipca 1941 roku został dowódcą JG 53 Pik-As. Na froncie wschodnim zanotował 13 zwycięstw. Od 7 sierpnia 1941 roku oddział zaczęto wycofywać do Niemiec celem uzupełnienia wyposażenia i pod koniec września oddział rozmieszczono w rejonie Katwijk w Holandii.
25 października 1941 roku von Werra wybrał się na lot testowy, ale w wyniku awarii silnika maszyna rozbiła się w morzu na północ od Vlissingen, a sam pilot zginął.