W 1990 Woese i inni stwierdzili, że dotychczasowy podział systematyczny organizmów na pięć królestw nie odzwierciedlał ówczesnego stanu wiedzy. Na podstawie badań molekularnych uznali, że życie na Ziemi powinno być systematyzowane w trzech grupach, którym nadali, zaproponowaną przez Moore’a, rangę domeny (ale z łacińskim odpowiednikiem regio) i nazwali: Bacteria, Archaea i Eucarya. Zaproponowane przez nich domeny objęły królestwa dotychczasowe oraz nowe, które – ich zdaniem – powinny zostać jeszcze opisane. Wprowadzenie nowej kategorii wyższej rangi miało na celu uniknięcie burzenia tradycyjnie utrwalonego podziału na królestwa.
W pracy z 1990 autorzy nie określili królestw dla Bacteria i Eucarya, ograniczając się jedynie do stwierdzenia, że będzie ich wiele, a ich zdefiniowanie wymaga dalszych analiz. Natomiast dla domeny Archaea zaproponowali podział na i .
Podział organizmów na trzy domeny thumb|left|500px|Filogenetyczne drzewo życia na podstawie koncepcji trzech domen według Woese’a i in.