Od 1937 ponownie komendant Szkoły Podchorążych Rezerwy Kawalerii.
Po wybuchu II wojny światowej 1939, w okresie kampanii wrześniowej 10 września 1939 został mianowany dowódcą grupy swojego imienia w składzie Grupy Operacyjnej gen. Jana Kruszewskiego. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939, został aresztowany przez Sowietów 28 września we wsi Borowiec. Początkowo od 22 do 28 października 1939 przetrzymywano go w obozie w Putywlu, a następnie od listopada 1939 przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku. O jego pobycie tam wspomniał w swojej relacji inny jeniec, absolwent grudziądzkiej szkoły podchorążych Zdzisław Peszkowski, wskazując, że podpułkownik Wania nosił Order Virtuti Militari, oznajmiając także nadzorującym jeńców funkcjonariuszom NKWD, iż odznaczenie otrzymał za wojną polsko-bolszewicką z 1920. Między 7 a 9 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 015/2 z 5 kwietnia 1940. Między 9 a 11 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu.