Śmierć ukochanego syna pogrążyła w marazmie Filipa IV, i tak nękanego problemami wewnętrznymi kraju.

Kwestia małżeństwa Ze względu na sojusze wewnątrz dynastii władającej znaczną częścią ówczesnej Europy, od Portugalii po Węgry, ojciec szukał Baltazarowi Karolowi żony spośród Habsburgów. Wybór padł na Mariannę Habsburg (1634–1696), córkę cesarza Ferdynanda III i jego siostry ciotecznej ze strony ojca Marii Anny. Pod uwagę brana była też któraś z córek siostry jego matki Henrietty Marii Burbon i Karola I Stuarta, ale tę kandydaturę odrzucono ze względu na różnicę religii (była anglikanką).

Po niespodziewanej śmierci Baltazara Karola w 1649 jego niedoszłą żonę, mającą ledwie 15 lat, poślubił Filip IV, jej wuj ze strony matki. Było to spowodowane z jednej strony rozpaczą po śmierci ukochanego syna, a z drugiej szybką potrzebą spłodzenia następcy tronu wobec braku męskich potomków. Z ich związku narodził się chory na umyśle i ciele Karol II, owoc wielopokoleniowego kazirodztwa w dynastii Habsburgów.