Najwyższy Władca, Pan na Wysokościach) została przyjęta w kręgach protestanckich (katolicy w swoich tłumaczeniach Biblii używają pojęcia Tianzhu, 天主, Pan Niebios).
Zachowując angielski strój i styl bycia, poznał chiński język i kulturę na tyle dobrze, że nauczał i wygłaszał kazania po chińsku. Do 1856 prowadził dwujęzyczną szkołę dla chłopców i dziewcząt, chcąc wychować pokolenie rodowitych, chińskich misjonarzy. Jego nadzieje nie spełniły się, gdyż wychowankowie woleli pracować jako tłumacze dla robiących wielkie interesy w Chinach kupców zachodnich. Po 1856 Legge skupił się więc na swoich pracach nad kanonem chińskim, uznając jego objaśnienie za kluczowe dla sukcesu pracy misjonarskiej w Chinach (który zawsze pozostawał jego głównym celem).
Współpracował z wieloma znaczącymi uczonymi chińskimi. Jeszcze w Malacce pracował z Ho Tsun-sheenem, który pomagał mu we wczesnych tłumaczeniach, a potem sam został autorem ważnych komentarzy do chińskich tłumaczeń ewangelii. Luo Zhongfan z Kantonu, sympatyzujący z, ale nie nawrócony na chrześcijaństwo, napisał (pod wpływem Legge’a) komentarze do chińskich klasyków, w duchu monoteistycznym. Przez cztery lata asystentem Legge’a był błyskotliwy Hong Rengan, który w 1858 wrócił do Chin, na dwór swojego kuzyna Hong Xiuquana, przywódcy tajpingów.