Przeszczepienie mikrobioty kałowej (także: przeszczepienie flory kałowej, przeszczepienie mikrobioty jelitowej, ang. fecal microbiota transplantation, FMT) – procedura medyczna polegająca na podaniu biorcy zawiesiny kału pochodzącej od zdrowego dawcy w celu modyfikacji i odbudowy składu oraz funkcji mikrobioty jelitowej. Najlepiej udokumentowanym wskazaniem klinicznym jest leczenie nawrotowych zakażeń wywołanych przez Clostridioides difficile, zwłaszcza gdy standardowe leczenie przeciwbakteryjne nie zapobiega nawrotom.
Nazewnictwo W polskim piśmiennictwie, obok określenia „przeszczep mikrobioty kałowej”, spotyka się także nazwy „przeszczepienie mikrobioty jelitowej” oraz „transfer mikrobioty jelitowej”. Skrót FMT pochodzi od angielskiej nazwy fecal microbiota transplantation.
Różnica między FMT a MTT W części opracowań klinicznych (zwłaszcza dotyczących zastosowań eksperymentalnych) opisywano tzw. microbiota transfer therapy (MTT) jako postępowanie wieloetapowe, obejmujące nie tylko samo podanie preparatu mikrobioty, lecz także leczenie i przygotowanie biorcy (np. antybiotykoterapię oraz przygotowanie jelita) i następnie kilkutygodniowe podawanie preparatu.