W 2001 został mu nadany tytuł naukowy profesoraJanusz Skalski w bazie „Ludzie nauki” portalu Nauka Polska (OPI). [dostęp 2015-03-22].. W 2012 objął stanowisko profesora zwyczajnego UJUzasadnienie do uchwały Rady Miasta Krakowa w sprawie nadania tytułu Honorowego Obywatela Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa Panu Profesorowi Januszowi Skalskiemu. Biuletyn Informacji Publicznej.
W latach 1976–1989 pracował w Polsko-Amerykańskim Instytucie Pediatrii Akademii Medycznej w Krakowie, a od 1990 do 1997 roku w I Klinice Kardiochirurgii ŚAM w Katowicach. W latach 1997–2007 był ordynatorem Oddziału Kardiochirurgii Dziecięcej w Śląskim Centrum Chorób Serca w Zabrzu. W latach 2005–2007 równocześnie pełnił też funkcję prodziekana ds. nauki Wydziału Lekarskiego z Oddziałem Lekarsko-Dentystycznym w Zabrzu. Śląskiego Uniwersytetu Medycznego. W 2007 roku objął stanowisko kierownika kliniki kardiochirurgii w Uniwersyteckim Szpitalu Dziecięcym w Prokocimiu.