3 września 1987 w Burundi miał miejsce wojskowy zamach stanu, w którego wyniku władzę w państwie objął mjr Pierre Buyoya. Bezkrwawy pucz sprawiał z pozoru wrażenie klasycznego przewrotu pałacowego, gdyż Buyoya wywodził się z Tutsi oraz pozostawał od lat członkiem ścisłej elity władzy. Niemniej nowy prezydent zainicjował pewne reformy zmierzające do liberalizacji systemu politycznego. Po latach rządów „twardej ręki” owa umiarkowana „odwilż” wzbudziła wśród Hutu ogromne nadzieje na poprawę swojego losu. Gesty wykonywane przez Buyoyę nie miały jednak większego przełożenia na postępowanie lokalnych urzędników i notabli. Prezydent nie miał zresztą zamiaru przeprowadzać żadnych reform, które zagroziłyby monopolowi Tutsi w armii i systemie władzy. Rozdźwięk między rozbudzonymi nadziejami Hutu a rzeczywistością sprawił, że napięcie polityczne w Burundi zaczęło szybko rosnąć. W sierpniu 1988 w gminach Ntega i Marangara na północy kraju wybuchło spontaniczne powstanie Hutu, wywołane prowokacjami lokalnych urzędników Tutsi oraz obawami przed powtórzeniem się ludobójstwa z 1972 roku. W trakcie kilkudniowych zamieszek zostało zabitych kilkuset Tutsi, w tym liczne kobiety i dzieci. W odwecie rządowa armia zamordowała od 15 tys. do 30 tys. Hutu, a kolejnych 50 tys.