7 grudnia 1999 roku Assoumani mianował na premiera Bianrifiego Tarmidiego zapraszając przedstawicieli różnych środowisk politycznych, aby dołączyły do tworzenia nowego rządu.
W kwietniu 2000 roku doszło do masowych protestów wskutek upłynięcia rocznego okresu przejściowego, po którym Assoumani miał oddać władzę w ręce cywilów. Zamiast tego pułkownik zdecydował się na zaprzysiężenie jako prezydent kraju 6 maja 2000 roku w celu zwiększenia legitymizacji swojej władzy.
9 sierpnia 2001 roku żołnierze na Anjouan obalili pułkownika Saida Abeida. Sześć tygodni później doszło do ukształtowania się nowej junty wojskowej na Anjouanie, która na swojego przywódcę wybrała Mohameda Bacara rządzącego wyspą do inwazji w 2008 roku.
19 grudnia 2001 roku doszło do ataku francuskich najemników, działających w porozumieniu byłym ministrem spraw wewnętrznych Achirafim Saidem Hachimim, na separatystyczną wyspę Mohéli. W udaremnionej próbie obalenia jej rządu zginęło sześć osób zginęło. 23 grudnia odbyło się referendum w sprawie przyjęcia nowej konstytucji.