W 1933 został przeniesiony w stan spoczynku.
Jego żoną była Zofia, z domu Wroniecka, z którą miał córkę Hannę.
Po wybuchu II wojny światowej 1939, w okresie kampanii wrześniowej był dowódcą rzutu kołowego Bazy Lotniczej Nr 3 (dołączyła do niego m.in. ppor. pilot Janina Lewandowska). Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939, został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku. Wiosną 1940 został przetransportowany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Został pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zidentyfikowano podczas ekshumacji prowadzonych przez Niemców. 17 kwietnia 1943 Niemcy wysłali do Katynia grupę polskich oficerów, przetrzymywanych wówczas w oflagach. Wśród nich był podporucznik pilot, który znał kpt. Sidora i rozpoznał w masowych grobach w Katyniu autentyczny dokument przy jego zwłokach. Było to pismo odmowne wobec wniosku kpt. Sidora o reaktywację wydane w imieniu dowódcy 3 pułku lotniczego, podpisane w zastępstwie przez mjr. Mateusza Iżyckiego (we wcześniejszych latach ww. podporucznik wiedział o staraniach kpt.