Naukowo instytucja była podporządkowana Uniwersytetowi Fryderyka Wilhelma, skąd rekrutowano znaczną część pracowników. Wśród nich byli też Niemcy bałtyccy i biali emigranci rosyjscy. Instytut przygotowywał comiesięczne raporty dotyczące sytuacji w ZSRR, które były przedstawiane reichsführerowi SS Heinrichowi Himmlerowi. W 1940 Instytut Wannsee podporządkowano wywiadowi zagranicznemu, czyli Departamentowi VI Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy. W parku obok willi zainstalowano anteny, które odbierały radzieckie transmisje radiowe. Po ataku wojsk niemieckich na ZSRR (22 czerwca 1941) część pracowników naukowych przydzielono do grup operujących na podbijanych terenach.
W wyniku coraz silniejszych bombardowań Berlina przez lotnictwo alianckie instytut został przeniesiony, we wrześniu 1943, do zamku Plankenwarth koło Grazu. Ewakuacja trwała kilka miesięcy, tak że zaczął on w pełni funkcjonować dopiero na początku 1944. Nowym dyrektorem instytutu mianowano Hansa Kocha. W dotychczasowej lokalizacji utworzono komórkę organizacyjną poświęconą „pracy na Wschodzie” (Ostarbeit).
Po zakończeniu wojny materiały i dokumentacja instytutu została przekazana Organizacji Gehlena.