Zaraz potem objął zarząd domeny bobolickiej i otrzymał od księcia (w uznaniu zasług) 10000 talarów oraz dwa folwarki (pod zastaw). Podczas sejmu w Stargardzie w 1653/1654 opowiadał się za utrzymaniem silnej pozycji religii luterańskiej na Pomorzu. Następnie był reprezentantem księcia Ernesta Bogusława na pogrzebie stryja tegoż, ostatniego księcia zachodniopomorskiego, Bogusława XIV w Szczecinie w maju 1654. Potem, jako tajny radca elektora Fryderyka Wilhelma, ponownie wyprawiał się w misjach dyplomatycznych do Wiednia i Hagi. Od tego czasu następowało stopniowe rozejście się von Bonina z Fryderykiem Wilhelmem, które wiąże się ze zmianą nastawienia Georga do działań elektorskich podczas wojny północnej. Był on członkiem delegacji stanów zachodniopomorskich do króla polskiego Jana Kazimierza, przebywającego wówczas w Gdańsku, a następnie dwukrotnie (w 1661 i 1665) uczestniczył w obradach mieszanej, polsko-brandenburskiej komisji rozsądzającej sporne kwestie graniczne. W 1664 został mianowany przez księcia Ernesta Bogusława dziekanem kapituły kamieńskiej i tym samym został głównym przywódcą opozycji stanowej na Pomorzu Zachodnim. Od tego czasu pozostawał w złych stosunkach z kanclerzem Zarządu Pomorza Lorenzem Christophem von Somnitzem i z Fryderykiem Wilhelmem.