Działalność Mongolska Akademia Nauk nadzoruje pracę instytutów naukowych i jednostek badawczych (w nawiasach podano rok założenia placówki): W jej ramach działa 17 instytutów naukowych: Instytut Języka i Literatury (1921) Instytut Historii (1921) Instytut Geografii (1926) Instytut Astronomii i Geofizyki (1957) Instytut Chemii i Technologii Chemicznej (1961) Instytut Botaniki (1961) Centrum Paleontologii (1964) Instytut Biologii (1965) Instytut Geologii i Surowców Mineralnych (1966) Instytut Studiów Międzynarodowych (1968) Instytut Filozofii, Społeczeństwa i Prawa (1972) Instytut Informatyki (1987) Instytut Geo-ekologii (1997) Międzynarodowy Instytut Studiów nad Cywilizacjami Nomadów (1998) Instytut Rozwoju Narodowego (1999) Instytut Archeologii (2002) Poza instytutami działa w niej 9 korporacji naukowych: Korporacja "Energia": Nauka, Technologia, Produkcja Korporacja: Energia odnawialna Korporacja: Budownictwo,Architektura, Badania, Eksperymenty, Przedsiębiorstwa i Business Korporacja: “Armo” Przemysł lekki – Nauka, Technologia, Produkcja Korporacja: Elektronika i Badania nad Maszynami Korporacja “Hunstech”: Badania nad żywnością i produkcją Korporacja: Medycyna Naturalna – technologia i produkcja Mongolskie Centrum Transferu Technologii