Misje, w których bierze udział Blazkowicz, polegają m.in. na wyeliminowaniu fikcyjnych liderów badań nazistowskiego programu rozwoju broni biochemicznych. W Wolfenstein 3D Blazkowicz ostatecznie zabija Hitlera, w Spear of Destiny zapobiega nazistowskiemu planowi użycia Włóczni Przeznaczenia do przyzwania Anioła Śmierci, w Return to Castle Wolfenstein udaremnia rytuał Himmlera mający na celu przywrócenie do życia Henryka I Ptasznika. W tej części dowiaduje się również o planie Wilhelma „Trupiej Główki” Strassego do stworzenia armii nieumarłych cyborgów.
W wydanym w 2009 roku Wolfensteinie powraca do walki z Trzecią Rzeszą, chcącą wykorzystać niebezpieczną energię o wielkiej mocy, pochodzącą z alternatywnego wymiaru znanego jako Czarne Słońce, czym ponownie krzyżuje plany Trupiej Główki. W The New Order Blazkowicz odnosi rany i przez czternaście lat w stanie wegetatywnym przebywa w polskim szpitalu psychiatrycznym. W 1960 roku odzyskuje przytomność i ponownie przyłącza się do ruchu oporu walczącego z nazistami, którzy – w dużej mierze dzięki Strassemu – zdobyli władzę nad światem.