Po tym wydaniu Erazm zaangażował się w liczne polemiki związane z jego wydaniami Novum Testamentum. Najwięcej kontrowersji wzbudzały jego Annotationes, a atakowany był głównie przez uniwersytety w Cambridge i Oxfordzie. Zaatakował również Diego López de Zúñiga, znany jako Stunika, jeden z wydawców Poligloty kompluteńskiej Ximenesa. Zarzucił Erazmowi, że w jego tekście brak części 1 Jana 5, 7-8 (Comma Johanneum). Erazm odpowiedział, że nie znalazł go w żadnym greckim rękopisie. Stunica argumentował, że łacińskie rękopisy są bardziej wiarygodne niż greckie. Edward Lee, późniejszy arcybiskup Yorku (1531-1544), oskarżył Erazma o sympatie do arianizmu. Erazm miał obiecać, że umieści Comma Johanneum w przyszłych wydaniach, jeśli tylko znajdzie się grecki rękopis zawierający Comma.
Inny atak nastąpił w 1521 roku ze strony Paulusa Bombasiusa, prefekta Biblioteki Watykańskiej. Zarzucił on Erazmowi odejście od tekstu Wulgaty. Przy tej okazji poinformował Erazma, że w Watykanie przechowywany jest niezwykle starożytny egzemplarz Pisma (Kodeks Watykański), który jest zgodny z Wulgatą.