Rosyjski Kościół Prawosławny w dalszym ciągu nie uznaje metropolii Besarabii, a jej ordynariusza uważa od 1992 za duchownego suspendowanego. W 2007 Mołdawski Kościół Prawosławny skierował do patriarchy rumuńskiego Daniela deklarację, w której nazwał utworzenie metropolii „agresywnym” ingerowaniem w sprawy innej Cerkwi, na jej terenie kanonicznym. W tym samym roku rezolucję o analogicznej treści wydał Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Negocjacje między Kościołami w listopadzie 2007, prowadzone w Monasterze Trojańskim w Bułgarii, nie doprowadziły do porozumienia. W 2011 Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego wyraził zaniepokojenie faktem, że metropolia Besarabii utworzyła swoje placówki na Ukrainie.
Struktura Metropolii Besarabii podlegają cztery eparchie: archieparchia kiszyniowska, eparchia Bielc, eparchia Tyraspola i całego Naddniestrza oraz eparchia Besarabii PołudniowejOrganizarea Administrativă. W jurysdykcji metropolii działają 104 parafie oraz pięć monasterów.