Duże znaczenie miało także rozlokowanie w Burundi w kwietniu 2003 liczącej 3335 żołnierzy misji pokojowej Unii Afrykańskiej (African Mission in Burundi – AMIB), zastąpionej w czerwcu 2004 przez misję pokojową ONZ (United Nations Operation in Burundi – ONUB).
Porozumienie z Dar es Salaam nie oznaczało jednak całkowitego zakończenia konfliktu. Ostatnie ugrupowanie rebelianckie, tj. PALIPEHUTU-FNL, uznało bowiem postępowanie CNDD-FDD za zdradę sprawy Hutu i kontynuowało walkę zbrojną aż do kwietnia 2009 roku. Niemniej zawarcie rozejmu z największym ugrupowaniem rebelianckim przyczyniło się do znacznej poprawy stanu bezpieczeństwa w kraju.
Mimo opóźnień, rozlicznych trudności oraz trwających wciąż walk z PALIPEHUTU-FNL, proces pokojowy był konsekwentnie kontynuowany. W 2004 roku rozpoczął się proces rozbrajania, demobilizacji i reintegracji. Z blisko 21 tys. bojowników CNDD-FDD około 8 tys. włączono w skład rządowej armii, kolejnych 6 tys. włączono w szeregi policji, a pozostałych 7 tys. zdemobilizowano. Tylko w latach 2004–2005 z obozów w Tanzanii powróciło do Burundi blisko 170 tys. uchodźców. Na mocy referendum z 28 lutego 2005 przyjęta została nowa konstytucja. 3 czerwca 2005 odbyły się w Burundi wybory lokalne, w których bezapelacyjne zwycięstwo odniosła CNDD-FDD.