W 23-osobowym gabinecie zasiadło czternastu Hutu i dziewięciu Tutsi, przy czym trzynaście tek ministerialnych przypadło przedstawicielom FRODEBU, a kolejnych sześć politykom UPRONA. Pokojowe przejęcie władzy przez Ndadaye i FRODEBU zostało przyjęte z wielkim uznaniem przez społeczność międzynarodową. Burundi uznano za „model dla wszystkich aspirujących demokracji” oraz wzór dla pozostałych państw kontynentu.

Zdominowana przez Tutsi armia nie pogodziła się jednak z utratą władzy. 21 października 1993 wojsko podjęło próbę puczu, w której trakcie zamordowano Ndadaye oraz kilku jego najbliższych współpracowników. Na wieść o śmierci prezydenta wieśniacy Hutu, kierowani w wielu wypadkach przez lokalnych działaczy FRODEBU, przystąpili do masowych pogromów Tutsi, w których trakcie zamordowano tysiące mężczyzn, kobiet i dzieci. W odwecie armia pod pozorem „przywracania pokoju i porządku” rozpoczęła zakrojone na szeroką skalę masakry Hutu. Owe wydarzenia zniszczyły rodzący się międzyetniczny konsensus oraz trwale zdestabilizowały państwo.