Najważniejszą pracą Kojałowicza była wydana w 1884 Istorija russkogo samosoznanija po istoriczeskim pamiatnikam i naucznym soczinienijam. Była to pionierska w Rosji praca nad samoświadomością Rosjan. Zyskała wysokie oceny w środowisku słowianofilów. W 1904 pośmiertnie ukazały się przygotowane przez historyka do druku Tajne pisma ijezuitow, bywszych w Rossii pri Pietrie Wielikom.
Walentina Tiepłowa uważa Kojałowicza za twórcę odrębnej szkoły w historiografii rosyjskiej XIX i XX wieku: prawosławnej szkoły historycznej. Zaliczali się do niej badacze pochodzenia rosyjskiego lub białoruskiego (rosyjskojęzyczni), silnie utożsamiający się z prawosławiem, skupiający się na badaniach nad dziejami Cerkwi.
Dorobek Kojałowicza po jego śmierci popadł w zapomnienie; informacje o nim nie pojawiały się w opracowaniach rosyjskich i białoruskich w ZSRR, w myśl oficjalnej ideologii teksty Kojałowicza należały do historiografii "reakcyjnej, klerykalno-monarchistycznej". Prace Kojałowicza poddał analizie Aleksandr Cwikiewicz, jednak krótko po tym fakcie został aresztowany, a jego opracowanie nie mogło być opublikowaneW. Tiepłowa, М.О.