Kopuła o rzadko spotykanym kształcie elipsy znajduje się nad skrzyżowaniem nawy głównej, transeptu i prezbiterium. Jej projektantem i wykonawcą przed 1680 był znany maltański architekt Lorenzo Gafà, brat rzeźbiarza Melchiorre Cafà. Kopuła została wykonana z maltańskiego wapienia, zaś wieńcząca ją latarnia jest drewniana. Budowę kopuły znacznie zasilił funduszami wielki mistrz Gregorio Carafa. Obrazy wewnątrz kopuły są dziełem Palombiego; obrazują one Świętego Pawła w chwale w otoczeniu aniołów, Świętego Pawła w otoczeniu proroków, Świętego Pawła między Doktorami Kościoła oraz Świętego Pawła głoszącego kazanie do pogan. Na czterech pendentywach umieszczone są wizerunki czterech Ewangelistów. W dolnej części kopuły znajduje się tarcza herbowa Malty.
Organy thumb|left|260px|Galeria organowa
Organy, zamknięte w zdobionej i misternie rzeźbionej drewnianej ramie, i umieszczone na bogato pozłacanej galerii organowej ponad głównymi drzwiami są dziełem Gaetano Turiglio z Mesyny, osiadłego na Malcie po trzęsieniu ziemi w tym mieście w 1908.