W 1982 r. zatrudnienie Metroprojektu wynosiło 213 osób, pośród których było 10 seniorów pracujących w przedsiębiorstwie od momentu jego powstania. W 1986 w biurze pracowało 414 osób, a w 1989 – 420.
Okres spółki z o.o. (od 1991) 1 lipca 1991 biuro państwowe przekształcono w spółkę z o.o. Biuro Projektów „Metroprojekt”, która kontynuuje działalność przedsiębiorstwa państwowego.
Ograniczenie środków finansowych w późniejszych etapach budowy I linii warszawskiego metra spowolniło realizację i projektowanie kolei podziemnej. Zatrudnienie biura zredukowano do 120 osób w 1994 r., a następnie do 65 w 1998 i 1999. Według projektów Metroprojektu zrealizowanych zostało łącznie 16 z 21 stacji oraz 19 z 21 tuneli tej linii.
1 lipca 2008 biuro przeniosło swoją siedzibę do własnych budynków przy ul. Solińskiej 19b. We wrześniu 2008 Metroprojekt, wraz z AMC – Andrzej M. Chołdzyński, opracował projekt koncepcyjny centralnego odcinka II linii warszawskiego metra.
Przedsiębiorstwo bierze udział w przetargach oraz opracowuje i realizuje projekty z różnych dziedzin budownictwa.