Działalność Akademii została zakończona 22 września 1939, w momencie wkroczenia wojsk radzieckich. Władze radzieckie utworzyły w jej budynkach Lwowski Instytut Weterynaryjny. Przez 2 lata (1939/40 i 1940/41) wykładała w nim większość przedwojennych polskich profesorów w tym Kazimierz Szczudłowski. Po wkroczeniu wojsk niemieckich 30 czerwca 1941 działalność wszystkich lwowskich uczelni została przerwana. 1 kwietnia 1942 Niemcy otworzyli Państwowe Instytuty Weterynaryjne (nie. Staatliche Tierarztliche Institute), 20 maja zmieniono ich nazwę na Państwowe Zawodowe Kursy Weterynaryjne (nie. Staatliche Tierarztliche Fachkurse). Część polskich profesorów, w tym prof. Szczudłowski, kontynuowała tam pracę. 27 lipca 1944 wkroczyły do Lwowa wojska radzieckie. Lwowski Instytut Weterynaryjny ponownie rozpoczął działalność. Rok akademicki 1944/45 był ostatnim rokiem działalności prof. Szczudłowskiego i innych Polaków na tej uczelni.