W kolejnym sezonie piłkarze nie powtórzyli już wyniku sprzed roku. Po rozegraniu 34 spotkań zespół uplasował się na 9. pozycji. W sezonie tym Stomil uzyskał najwięcej bramek w historii występów w ekstraklasie. 45 zdobytych goli to w głównej mierze zasługa Arkadiusz Klimka (7 bramek) oraz Daniela Dylusia i Jacka Płuciennika (po 6 bramek). Po rundzie jesiennej, w której przez ponad miesiąc szkoleniowcem klubu był jego były piłkarz Bogusław Oblewski, barwy klubowe zmienił najskuteczniejszy w trakcie występów olsztyńskiego klubu w ekstraklasie Sylwester Czereszewski. Szeregi zespołu ze stadionu przy al. Piłsudskiego zasili natomiast dwaj piłkarze, którzy w kolejnych sezonach stanowili trzon ekipy: Krzysztof Kowalczyk i Marek Kwiatkowski. Najwięcej kibiców przyciągnął wówczas mecz z aktualnym wtedy mistrzem Polski Widzewem Łódź, który olsztyński zespół wygrał 1:0. Trzeci sezon w ekstraklasie Stomil zakończył w Krakowie, przegrywając z miejscową Wisłą 2:5.