Po wybuchu II wojny światowej 1939 w okresie kampanii wrześniowej był dowódcą 4 kompanii przeciwpancernej macierzystego pułku, biorącego udział w walkach w składzie 22 Dywizji Piechoty Górskiej w ramach Armii „Kraków”. Podczas wygranych walk obronnych o przyczółki na rzece Nida w okolicach wsi Jurków jego kompania dokonała zniszczenia kilkunastu pojazdów pancernych Niemców. Następnie brał udział w walkach na Lubelszczyźnie. Po kapitulacji dostał się do niewoli niemieckiej i od 1940 był osadzony w niemieckim obozie jenieckim Oflag II C Woldenberg (wraz z nim brat Władysław). Bracia Besowie byli czynnymi aktywistami obozowej konspiracji. Obaj wraz z innymi jeńcami latem 1941 budował podkop celem ucieczki z obozu oraz byli w grupie kilkudziesięciu jeńców, którzy w tajności zdobywali materiał drzewny. 8 maja 1942 Stanisław Bes wraz trzema jeńcami uciekł z obozu, wychodząc po apelu w cywilnym ubraniu z grupą szeregowych idących do robót zewnętrznych. Po zauważeniu w okolicach Wronek obławy żandarmów zaalarmowanych przez volksdeutschów Stanisław Bes samodzielnie skierował tropiących na siebie, po czym został schwytany, pobity, a następnie doprowadzony z powrotem do obozu Woldenberg i skazany na karę aresztu. Dzięki jego zachowaniu pozostali trzej uciekinierzy, ppor. Bernard Drzyzga, ppor. mar. Mieczysław Uniejewski i kpr.