Podczas II wojny światowej w okresie okupacji niemieckiej został działaczem podziemia (używał pseudonimu „Emil”), pełnił funkcję dowódcy miejscowej placówki Wojskowego Korpusu Służby Bezpieczeństwa. Ukrywał się na terenie Raczkowej (w tym czasie w 1942 przebywali tam inni działacze podziemia, rodzeństwo Danuta i Mieczysław Przystaszowie). Stał na czele Wojskowego Korpusu Służby Bezpieczeństwa. 13 marca 1944 roku, po nieudanej likwidacji konfidenta gestapo Franciszka Wojtasa, został aresztowany przez Niemców (podczas masowych aresztowań na sanocczyźnie z przełomu 1943/1944). Był osadzony w więzieniu w Sanoku od 15 marca 1944. Tam według relacji strażnika więziennego Nestora Kiszki ps. „Neron”, zaprzysiężonego do polskiej działalności podziemnej, mjr Charzewski miał pocieszać i podnosić na duchu innych więźniówNestor Kiszka nie wskazał w swojej relacji czasu przebywania Emila Charzewskiego w więzieniu, w związku z czym nie ma pewności, że chodzi o czas po jego aresztowaniu 13 marca 1944. Natomiast Kiszka wymienił osadzenie Charzewskiego w tymże więzieniu opisując w 1942 roku zdarzenia i wskazując obok innych aresztowanych z tego czasu, zob. . W sanockim więzieniu przebywał do 18 maja 1944, po czym został skierowany do Tarnowa.