Za książkę Doświadczenia graniczne. Studia o dwudziestowiecznych formach reprezentacji został nominowany do Nagrody Literackiej Gdynia 2010.
W 2015 otrzymał Odznakę honorową „Zasłużony dla Kultury Polskiej”.
19 kwietnia 2018, w dniu 75. rocznicy wybuchu powstania w getcie warszawskim, podczas uroczystej sesji Rady m.st. Warszawy został uhonorowany Nagrodą m.st. Warszawy.
W listopadzie 2018 za książkę Biografie ulic. O żydowskich ulicach Warszawy: od narodzin po Zagładę otrzymał Nagrodę Klio za najlepszą publikację z lat 2017–2018 poświęconą historii (w kategorii varsaviana).
W styczniu 2019 otrzymał Nagrodę im. Kazimierza Wyki, przyznawaną za wybitne osiągnięcia w dziedzinie eseistyki oraz krytyki literackiej i artystycznej.
W maju 2019 za książkę Młyny boże. Zapiski o Kościele i Zagładzie otrzymał nominację do Nagrody Literackiej Nike.
W kwietniu 2022 za książkę Warszawski Trójkąt Zagłady otrzymał (wspólnie z Arturem Żmijewskim i Zofią Waślicką-Żmijewską) nominację do Nagrody Literackiej m.st. Warszawy w kategorii książka o tematyce warszawskiej. W 2023 został uhonorowany Medalem „Powstanie w Getcie Warszawskim”.