Ranny Józef Kozłowski został przewieziony do Warszawy, gdzie przeszedł ciężkie śledztwo.

Józef Kozłowski został 29 kwietnia 1949 roku skazany przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie na sesji wyjazdowej w Ostrołęce pod przewodnictwem mjr. Mieczysława Widaja na karę śmierci. Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski. Józef Kozłowski został zabity 12 sierpnia 1949 roku w więzieniu mokotowskim w Warszawie. Wraz z nim zginęli jego najbliżsi współpracownicy: ppor. Czesław Kania „Nałęcz” (szef pionów wywiadu i propagandy), sierżant Bolesław Szyszko „Klon” (szef sztabu) i st. sierżant Piotr Macuk „Sęp” (zastępca Kozłowskiego).

Po rozbiciu komendy „Lasa” na komendanta „XVI” Okręgu NZW, wybrano Witolda Boruckiego „Babinicza” (zginął 19 sierpnia 1949 roku).

1 marca 2015 roku Instytut Pamięci Narodowej potwierdził, że wśród szczątków wydobytych w kwaterze „Ł” na warszawskich Powązkach Wojskowych zidentyfikowano szczątki Józefa Kozłowskiego.

Jego postać została przedstawiona w filmie „Historia Roja, czyli w ziemi lepiej słychać”.

W Ostrołęce jest ulica imienia kpt.