W 2012 roku skorzystał z propozycji drugoligowego podówczas Elche CF. Już w pierwszym sezonie (2012/2013) pobytu na Estadio Manuel Martínez Valero jego podopieczni byli najlepszym zespołem w lidze (zdobyli 82 punkty w 42 spotkaniach; wyprzedzili m.in. Villarreal CF oraz UD Almería) i wywalczyli awans do La Liga. Fran Escribá został uhonorowany trofeum imienia Miguela Muñoza dla najlepszego trenera zaplecza ekstraklasy.
Jego debiut w Primera División nie był okazały – prowadzony przez Escribę zespół uległ 0–3 Rayo Vallecano (dwie bramki dla stołecznej drużyny zdobył Alberto Bueno, jedną – Alberto Perea). Elche ostatecznie zdobyło 40 punktów i uplasowało się na 16. miejscu w klasyfikacji sezonu 2013/2014. Los Ilicitanos stać było m.in. na remisy z Barceloną i Sevillą, dwa podziały punktów w spotkaniach z Athletikiem Bilbao, a także zwycięstwo nad Valencią.
11 kwietnia 2016 został zwolniony z funkcji trenera piłkarzy Getafe CF.
11 sierpnia 2016 roku został trenerem Villarreal CF. W sezonie 2016/17 zajął z Villarrealem 5. miejsce w Primera División. 25 września 2017 roku został zwolniony z tej funkcji z powodu słabego początku sezonu 2017/18.
W marcu 2019 roku został szkoleniowcem Celty Vigo.
W latach 2024-2025 trenował Granadę CF.