Prace te zahamowano w 1549, z uwagi na brak miejsca pod nowe akweny (było ich już około 230). Hodowla ryb stanowiła wówczas główne źródło dochodu miejscowych wielmożów. Mieszkańcy wsi położonych nad starą częścią kanału mieli obowiązek czyścić go 3-4 razy w roku. Do czyszczenia nowej części najmowano pracowników.
Głównym regulatorem stanu wód na kanale było już w XVI wieku Ždánické stavidlo w Opatovicach. Następne zlokalizowano w Bohdańcu. W końcu XVII wieku kanał był też źródłem wody pitnej, o czym świadczą pozostałości drewnianego wodociągu w Bohdańcu. Nad wodą powstawały także młyny i papiernie.
W początku XIX wieku sława pardubickiego rybołówstwa zaczęła zanikać. Reformy terezjańskie i józefińskie wpłynęły na modernizację rolnictwa, stare i małe rybniki uległy likwidacji i zamianie na grunty orne. W połowie XIX wieku zmiany te zostały ostatecznie ugruntowane. W ten sposób kanał stracił swoją główną rację bytu – pozostała mu przede wszystkim funkcja melioracyjna. Zmieniono też nieco jego przebieg u ujścia do Łaby pod Semínem, co spowodowało jego skrócenie do obecnych 32,69 km.