w okresie sprawowania urzędu patriarchy koptyjskiego przez Jana VII (1189-1216) właścicielami wspólnoty z pewnością byli już Koptowie. Najpomyślniejszym okresem rozwoju monasteru był XIII w., gdy został on otoczony murem obronnym i odnowiony po wcześniejszych zniszczeniach.
Przełożony klasztoru reprezentował Kościół Koptyjski na soborach w Ferrarze i Florencji. W 1484 klasztor został całkowicie zniszczony podczas buntu beduińskiego. Na początku kolejnego stulecia patriarcha koptyjski Gabriel VII skierował do monasteru św. Antoniego Wielkiego grupę 20 mnichów z klasztoru Syryjczyków w Wadi an-Natrun w celu odnowienia zniszczonej wspólnoty. W XVII w. w klasztorze przebywali kapucyni, którzy przed podjęciem pracy misyjnej w Egipcie uczyli się tutaj miejscowych języków. Ze wspólnoty monastycznej św. Antoniego wywodzi się trzynastu patriarchów koptyjskich.
Jest to drugi pod względem powierzchni klasztor w Egipcie, po monasterze św. Katarzyny na Synaju, a zarazem największy klasztor prowadzony przez Koptyjski Kościół Ortodoksyjny. Najstarsza świątynia w kompleksie monasterskim nosi wezwanie św. Antoniego i została wzniesiona między XIII a XVI w.;