Za rządów partii Baas Al-Atrasz wziął udział w zamachu stanu 8 marca 1963, po którym partia Baas przejęła władzę w Syrii. W tym samym roku wszedł do jednego z rządów Salah ad-Dina al-Bitara jako minister spraw społecznych i pracy. 1 września 1965 powierzono mu urząd przewodniczącego Rady Rewolucyjnych Dowódców, jednak jego rola w niej była drugoplanowa. Kluczowe decyzje podejmowali poza posiedzeniami rady oficerowie, którzy odegrali decydującą rolę podczas marcowego przewrotu - Muhammad Umran, Salah Dżadid i Hafiz al-AsadP. Seale, Asad of Syria. The Struggle for the Middle East, University of California Press, Berkeley-Los Angeles 1989, , s. 78-79..
14 lutego 1966 Mansur al-Atrasz stracił dotychczasowe stanowisko. Dziewięć dni później radykalnie socjalistyczna frakcja partii Baas na czele z Salahem Dżadidem przeprowadziła drugi zamach stanu, eliminując z elity władzy umiarkowanych baasistów. Al-Atrasz został aresztowany przez grupę zamachowców pod przywództwem Salima Hatuma i osadzony w więzieniu Mazza w Damaszku, gdzie pozostał do klęski Syrii w wojnie sześciodniowej. Po niej prezydent Nur ad-Din al-Atasi amnestionował więźniów politycznych.