Mahmud przyjął 18 i 19 października przysięgę wierności od kupców, na 20 października zarządził przyjmowanie analogicznej przysięgi od ulemów. Gdy ci zebrali się we wskazanym miejscu, zostali aresztowani przez Marokańczyków. W tym czasie ich domostwa zostały obrabowane, wszystkie kosztowności złożone przez mieszkańców przeszły więc w ręce okupantów. Część uwięzionych mędrców została wymordowana za murami miasta, pozostałych uwięziono w kasbie. Grupa ta została 18 marca 1594 roku deportowana do Maroka. Znajdował się w niej kadi Umar oraz słynny pisarz Ahmad Baba, uwolniony dzięki zabiegom marokańskich ulemów.
Śmierć Pasza Mahmud wysłał do Marrakeszu 100 000 mitkali złota i niewolników. Z pozostałej sumy część rozdzielił żołnierzom, a resztę zagarnął dla siebie. Dystans od metropolii sprawił, że pasza nie próbował ukrywać luksusów oraz drwił z sułtana, co spowodowało wysłanie donosów przez jednego z kaidów. Rozwścieczony al-Mansur wysłał do Timbuktu kaida Mansura ibn Abd ar-Rahmana, który miał zabić ibn Zarkun i zająć jego stanowisko. Mahmud dowiedział się o czekającym go losie od posłańca wysłanego przez syna sułtana, Bu Farisa. Pasza postanowił uprzedzić fakty i wyruszył w kolejną wyprawę zbrojną przeciwko Askii Nuhowi.