W związku z przygotowaniami do rozpoczęcia powstania w Warszawie dowództwo Armii Krajowej wyznaczyło klasztor przy ul. Karolkowej na miejsce koncentracji III Batalionu OW PPS im. Stefana Okrzei, podporządkowanego organizacyjnie dowództwu Obwodu III AK „Wola”. Niewykluczone, iż wpływ na tę decyzję wywarły powiązania niektórych zakonników z ruchem oporu. W południe 1 sierpnia 1944 na Karolkowej pojawili się oficerowie AK, którzy oświadczyli ojcu rektorowi Józefowi Kani, iż „zajmują klasztor na cele wojskowe”. Na krótko przed godziną „W” w klasztorze oraz w przylegającym doń kościele św. Klemensa Hofbauera zaczęli się gromadzić uzbrojeni żołnierze. Bezskuteczne okazały się protesty ojca rektora, który wedle relacji świadków miał niemalże „ze łzami w oczach” zaklinać powstańców by przenieśli się do innego budynku. Biskup sufragan piński Karol Niemira, który odwiedził klasztor na półtorej godziny przed wybuchem powstania, także prosił powstańców, aby nie narażali klasztoru i zakonników na niemiecki odwet. Żołnierze ponownie jednak odmówili, powołując się na rozkazy swojego dowództwa. Tego dnia w klasztorze pojawił się również kapelan Obwodu AK „Wola”, palotyn o. Władysław Zbłowski ps. „Struś”, który miał dopilnować, aby zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami wyznaczeni redemptoryści udali się na powstańcze punkty sanitarne.