5 sierpnia oddziały niemieckie dowodzone przez SS-Gruppenführera Heinza Reinefartha przystąpiły do szturmu na Wolę. Rozpoczęła się jednocześnie masowa rzeź polskiej ludności cywilnej. Tego poranka kościół ucierpiał na skutek niemieckiego nalotu – według jednej z relacji bomba eksplodowała obok prezbiterium, doprowadzając do zasypania ołtarza z konsekrowanymi hostiami; inni świadkowie twierdzili natomiast, iż wybuch spowodował wybicie wszystkich szyb w oknach, których odłamki zraniły wielu ludzi. Zakonnicy oraz przebywający w klasztorze uchodźcy musieli szukać schronienia w piwnicach. Zniesiono tam również obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Mimo próśb ojca rektora powstańcy zajęli stanowiska ogniowe w klasztornym budynku, ostrzeliwując Niemców z najwyższej (zachodniej) kondygnacji. W godzinach wieczornych w schronie odbyło się nabożeństwo, w którego trakcie o. Tadeusz Müller miał udzielić zgromadzonym ogólnego rozgrzeszenia (inne relacje mówią, że uczynił to później o. Józef Kania). Około godziny 22:30 do schronu miał przybyć powstaniec z ostrzeżeniem, iż Niemcy są już blisko i należy uciekać. Ojciec rektor sprzeciwił się jednak opuszczeniu klasztoru, twierdząc, iż lepiej będzie „zginąć na miejscu”.