Z sierpniowego zamówienia zbudowano 97 maszyn (n/s 44578/674), zdążono także wyprodukować dodatkowe części, z których można było złożyć ponad 200 dodatkowych samolotów.
Łącznie zbudowano 601 samolotów w wersjach B i C: pierwszy prototyp S-4 prototyp S-4B 100 samolotów w serii S-4B 400 samolotów pierwszej serii S-4C 97 maszyn drugiej serii S-4C jeden S-4C zbudowany przez firmę na własne potrzeby prototypowy wodnosamolot dla United States Navy (zobacz w sekcji niżej)
Samoloty używane były w głównych szkołach latania Armii - Carlstrom Field, Gerstner Field i Rockwell Field. Pomimo że nie brał bezpośrednio udziału w walkach, Tommy Scout był najbardziej popularnym amerykańskim samolotem z okresu I wojny światowej i w zakładach Thomas-Morse zbudowano więcej egzemplarzy tego samolotu niż jakiegokolwiek innego modelu.
Jeden S-4B (numer seryjny Armii 4355) był testowany na lotnisku McCook Field jako P-26.
Przynajmniej jeden samolot (A-758) był testowany z wyższym, ale węższym sterem kierunku.